За это путешествие и выполненный колоссальный объем работы Географическое общество России присудило Обручеву большую золотую медаль и премию Пржевальского, а Парижская академия наук – премию имени П.А. Чихачева.
     С Потаниным Обручев не встретился. Когда он прибыл в провинцию Сычуань, где была назначена встреча, то узнал, что Потанин прервал путешествие и уехал из Китая, потрясенный сообщением о смерти жены.
     Путешествие Обручева в Центральную Азию дало науке ряд интересных новых географических и геологических данных. Он впервые изучил в общих чертах геологическое строение этого региона и доказал, что в этом районе Земли, начиная с мезозоя, господствовал континентальный климат, опровергнув существовавшее мнение о том, что здесь ранее плескалось третичное море.
     В дальнейшем Обручев вел исследования Забайкалья, а в 1898 переехал в Петербург для обработки обширнейшего материала, полученного им в путешествиях. В 1898 — 1900 он совершил несколько поездок за границу: в Германию, Австрию, Швейцарию и Францию для ознакомления с геологическими музеями этих стран и участия в Международных географических и геологических конгрессах.
     В 1901 Обручев вернулся в Сибирь, и осенью того же года начался новый период в его плодотворной творческой деятельности. По рекомендации И.В. Мушкетова ученого пригласили в Томск для организации в Технологическом институте горного отделения.
     Одиннадцать лет Обручев был заведующим кафедрой геологии этого института, девять лет – деканом горного отделения, а временами исполнял даже обязанности директора. В летние каникулы продолжал исследования Сибири: изучал золотоносные районы, проводил экспертизу золотых рудников, совершил два путешествия в Джунгарию.
     В 1912 преподавательская деятельность ученого была прервана по политическим мотивам. Дело в том, что Обручев всегда придерживался передовых общественных взглядов и не скрывал их. Он воспитывался в семье, которой не были чужды революционные идеи. Один его дядя был видным деятелем народнического движения, одним из организаторов тайного общества Земля и воля, другой – сотрудник Современника и друг Чернышевского – был арестован и сослан в Сибирь за распространение нелегальной литературы. История брака родной тетки В.А. Обручева М.А. Боковой-Сеченовой послужила Чернышевскому сюжетом для романа Что делать?.
     Обручев свято чтил такие качества, привитые ему с детства, как честность, трудолюбие, преданность родине, верность прогрессивным взглядам и поэтому считался неблагонадежным профессором. В годы реакции ученый был вынужден уйти в отставку и покинуть Томский технологический институт, горное отделение которого было создано его руками.
     Обручев вместе с семьей переехал в Москву. Он нигде не служил и жил на пенсию горного инженера в отставке. Все свое время ученый посвящал обработке и систематизации материалов, добытых в многочисленных путешествиях, и составлению отчетов о них. В этот период он много сил стал отдавать пропаганде научных знаний. Популяризировать науку Обручев начал еще в 1890. Тогда в восьми номерах журнала Север были напечатаны его путевые очерки «По Бухаре». Ученый становится постоянным автором журнала Природа, принимает активное участие в работе Московского общества любителей естествознания, антропологии и этнографии, пробует писать научно-фантастические романы.
     После революции положение опального профессора резко изменилось. В 1918 он поступил на службу в Высший совет народного хозяйства и был командирован в Донбасс для поиска и разведки огнеупорных глин и мергелей.
     В 1921 — 1929 Обручев преподавал прикладную геологию в только что созданной Горной академии и написал для студентов два учебника: Полевая геология и Рудные месторождения. Одновременно он участвовал в работе Московского отделения Геологического комитета, был членом ученого совета Института прикладной минералогии и металлургии, заведовал отделами трестов Лен-золото, Алданзолото и Союззолото. За научный труд «Геология Сибири» ученый в 1926 был удостоен премии имени В.И. Ленина.
     В 1920 в Государственном издательстве организовали отдел, перед которым поставили задачу увеличить выпуск научно-популярной литературы. Отдел привлек к работе известных ученых: Д.Н. Анучина, Л.С. Берга, В.А. Обручева, К.А. Тимирязева, В.Л. Комарова и других, которые активно включились в издательскую деятельность.
     В 1924 — 1929 Обручев выпустил первые четыре научно-фантастических и приключенческих романа. Наиболее известны Плутония и Земля Санникова. Создание подобных произведений было не актом самоутверждения «несостоявшегося» писателя, не попыткой доказать себе и другим, что он мог им стать, а одним из способов пропаганды геологических знаний, занимательного рассказа о своей науке. Ученый ощущал потребность поделиться своими знаниями с другими, чтобы «разжечь умственный аппетит.
     Фантастический роман В.А. Обручева Земля Санникова основан на двух легендах. Первая говорит о том, что севернее Новосибирских островов лежит неизвестная земля, которую якобы видел еще в 1811 промышленник Яков Санников, а в 1886 – полярный исследователь Э.В. Толль. Вторая – рассказывает о загадочном племени онкилонов, которое жило вдоль берега Северного Ледовитого океана, а затем таинственно исчезло. Первое издание книги, вышедшее в 1926, так и называлось Земля Санникова, или Последние онкилоны.
     Обручев описывает путешествие к земле Санникова трех политических ссыльных и двух местных жителей, которые находят эту таинственную землю. Она оказывается вершиной дремлющего вулкана. Поэтому там достаточно тепло и сохранились растения и животные, давно вымершие в других районах Сибири: мамонты, волосатый носорог, исполинский олень и другие представители древней фауны и флоры. Обручев подробно описывает этот ископаемый мир, который существовал на территории нашей страны несколько десятков тысячелетий тому назад.
     Путешественники встречаются с онкилонами и еще с одним племенем – вампу, которое живет даже не в новом каменном веке, а в палеолите. Автор дает яркие этнографические картинки жизни людей древнекаменного века и онкилонов, стоящих на гораздо более высокой ступени развития.
     Обручев пишет, что стойбище вампу «составляет как бы одну семью, потому что прочных связей между отдельными мужчинами и женщинами нет; все женщины принадлежат всем мужчинам, а дети считаются общими. Иногда мужчина убегает с женщиной, которая ему понравилась, в лес и живет отдельно; но остальные не мирятся с этим, и дело кончается убийством беглеца и возвращением женщины в пещеру. Жизнь мужчин проходит в охоте, еде и изготовлении оружия – дубин, копий, скребков; женщины собирают дрова, скоблят шкуры, делают ремешки, но дела у них тоже немного; они часами лежат у огня или на солнце и дремлют. Мясо едят обыкновенно сырым или чуть подпеченным на огне и наедаются после удачной охоты до отвала; если нет мяса – голодают по целым дням или выкапывают какие-то корешки, собирают улиток, крупных жуков, лягушек. Спят вповалку вокруг костра, ногами к огню, на шкурах или прямо на земле, положив под голову камень». Вампу сильно волосатые и не имеют даже пояска стыдливости.
     Онкилоны носили одежду, знали употребление лука и стрел, пользовались простейшей посудой, у них существовал моногамный брак. Обручев описывает обряд выбора невесты, который происходил раз в году весной.
     Сначала воины состязаются между собой в силе и ловкости и получают право выбирать невесту по очереди в соответствии с занятым местом. «Из ряда молодых воинов… отделился один, оказавшийся в состязании первым, подошел к девушкам и стал медленно проходить вдоль их ряда. Его встречали шутками и смешками, и почти каждая говорила:

потому что быть женой первого из молодых воинов было очень лестно, и девушки откровенно добивались этого.
     Пройдя почти весь ряд, он сразу остановился против одной девушки, не предлагавшей себя, и скромно опустившей глаза. Он ударил ее по плечу и воскликнул:

Девушка вздрогнула, выскочила из ряда и помчалась, как стрела, по поляне, а юноша за ней.

Читая книгу Обручева, мы узнаем, каков был растительный и животный мир в ту древнюю эпоху, как жили наши далекие предки.
     Другое научно-фантастическое произведение Обручева – Плутония тоже основано на двух легендах: на гипотезе о пустотности Земли и на предположении о том, что среди льдов Арктики существует вход в эту внутреннюю полость.
     В романе Плутония шестеро исследователей отправляются на поиски некой земли, которая по предположению расположена где-то северо-восточнее Берингова пролива. Во время путешествия они переваливают через снежный барьер и начинают спускаться во впадину, которая оказывается воронкой, ведущей внутрь Земли. Сначала путешественники движутся по снежной равнине, которая постепенно переходит в тундру. Ее сменяет ландшафт средних широт, а через некоторое время путешественников уже окружает тропическая растительность. Внутри Земли светит свое Солнце – Плутон, которое обеспечивает теплый, даже жаркий климат. Поэтому здесь сохранился древний растительный и животный мир, аналогичный изображенному Конан Дойлом в его известном научно-фантастическом романе Затерянный мир.
Сюжеты «Земли Санникова» и «Плутонии» схожи, но если в первом романе показан мир, отстоящий от нас на десятки тысяч лет, то во втором ученый последовательно описывает Землю такой, какой она была в четвертичный период, потом в третичный, затем в меловой и, наконец, в юрский, то есть около 200 миллионов лет тому назад. Он рассказывает о хвощах, древовидных папоротниках, страшном стегозавре, о морском ящере мезозоя ихтиозавре, о предшественнике современных птиц – археоптериксе.

В другом месте книги Обручев описывает сражение морских ящеров: